近期，在American Society of Human Genetics期刊上發(fā)表了一篇名為《Beyond the exome: What’s next in diagnostic testing for Mendelian conditions》的文章，該文章回顧了臨床遺傳學(xué)評估結(jié)果為陰性時的案例，并提出了當不能通過傳統(tǒng)檢測方法進行基因檢測時的解決方案，為臨床醫(yī)生使用新興技術(shù)進行精準基因診斷提供了指導(dǎo)。
患者在接受基因檢測后，對于潛在的孟德爾遺傳病，其診斷率受到多種因素的影響，主要原因如下：
1）許多孟德爾遺傳病的遺傳基礎(chǔ)仍然未知；
2）在已知潛在基因的疾病情況下，所進行的檢測可能存在無法覆蓋相關(guān)基因（如單基因或多基因檢測panel）、變異類型（如短串聯(lián)重復(fù)）或表觀遺傳標志（如甲基化狀態(tài)）的情況；
3）技術(shù)限制可能會導(dǎo)致難以在外顯子組測序（ES）中識別致病性變異，尤其是在檢測拷貝數(shù)變異（CNVs）方面；
4）可能沒有足夠的證據(jù)來解釋變異的致病性；
5）診斷率一直取決于在變異鑒定時可用的表型信息的詳細程度。
目前在懷疑患有遺傳性疾病的個體中進行精確分子診斷的方法主要包括傳統(tǒng)檢測方法（如外顯子組測序（ES）、拷貝數(shù)變異（CNVs）檢測，表型已知的基因panel檢測等）和新興技術(shù)檢測方法（如RNA sequencing (RNA-seq)、optical genome mapping (OGM)、long-read GS (lrGS)等），但不同類型的基因檢測技術(shù)存在一定優(yōu)勢和局限性（表1）。
ES對不同表型和孟德爾遺傳病的診斷成功率在25%到40%之間，在近親結(jié)婚較為普遍的人群中，診斷率更高，也就是說更容易通過ES找到潛在的遺傳問題。雖然總體上來看，通過ES獲得的診斷率相對較高，但在進行了ES之后，仍然有超過50%的被檢測個體沒有被明確診斷出患有具體的疾病。對于懷疑患有遺傳性疾病的個體來說，其ES檢測結(jié)果為陰性，這可能與ES檢測方法的局限性有關(guān)，需要注意相關(guān)事項并采取相應(yīng)的后續(xù)策略（表2、圖1）.
對ES數(shù)據(jù)重新分析可能也會找出導(dǎo)致某種疾病的變異（圖1）。這是因為這些變異出現(xiàn)在基因覆蓋范圍較低的區(qū)域或出現(xiàn)在未測序的受影響組織中。比如一些已知的致病變異位于基因的非編碼區(qū)域，例如內(nèi)含子或啟動子區(qū)域，這些區(qū)域在標準的ES中可能被漏檢。但如果專門設(shè)計了一個基因測序panel，用來捕獲包含這些變異區(qū)域的信息，那么就可以更容易地檢測到這些變異。
圖1 外顯子組測序結(jié)果為陰性時的下一步選擇
參考文獻
Wojcik MH, Reuter CM, Marwaha S, et.al. Beyond the exome: What's next in diagnostic testing for Mendelian conditions. Am J Hum Genet. 2023 Aug 3;110(8):1229-1248.
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