摘要 近日，美國醫(yī)學遺傳學與基因組學學會（ACMG）在《Genetics in Medicine》上刊登了名為“Diagnostic gene sequencing panels: from design to report—a technical standard of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG)”的技術指南，旨在為診斷類基因測序panel提供從panel設計到結果報告的全程技術標準指導。 ////////////////////// 對于許多與遺傳病相關的臨床表現(xiàn)來說，基因組合（panel）檢測是一種強有力的診斷工具。DNA測序技術的進步使得基因panel檢測更加經(jīng)濟、靈活和高效。由于不同實驗室間設計的基因panel內(nèi)所包含的基因內(nèi)容（如數(shù)量、納入原因、基因-疾病相關性的證據(jù)水平）和技術完整性（如覆蓋深度）的差異很大，因此需要制定基因panel的技術和臨床方面的標準。本文件可作為實驗室設計、提供、報告基因panel檢測的技術標準。盡管這些原則可應用于多種類型的基因檢測，但主要是針對注重特定受檢基因技術考慮的診斷類基因panel（而非攜帶者篩查或預測性檢測）。本技術標準考慮到基因?qū)膊〉呢暙I度及其與疾病相關性的證據(jù)支持強度，專門解決基因panel的內(nèi)容對臨床敏感性、特異性和有效性的影響，以及技術層面的考慮，例如測序的局限性、假基因/基因家族的存在、嵌合、轉(zhuǎn)錄本的選擇、拷貝數(shù)變異檢測、報告的出具、及測試局限性的說明。 介紹 臨床分子實驗室開發(fā)的基因panel可同時評估疑似疾病的多種潛在遺傳病因，減少診斷測試的成本和時間?；騪anel有助于診斷具有遺傳和臨床異質(zhì)性的疾病。表型相關疾病的Panel可增加鑒定潛在遺傳病因的可能性，可能首選外顯子組或基因組測序以最大限度地擴大目標覆蓋范圍并避免二次發(fā)現(xiàn)。由于缺乏明確的專業(yè)標準而導致決策過程存在差異，因此實驗室之間為類似疾病而設計的基因Panel中所包含的基因各不相同。基因Panel能夠同時對多個基因進行測序，因此在測試設計前，必須對基因-疾病關聯(lián)的有效性進行嚴格評估。 本報告可為基因選擇提供指導，回顧并提供處理具有技術挑戰(zhàn)性的序列變異的選項，建議當測序方法在技術上無法勝任診斷類基因Panel時進行輔助檢測。同樣的原則也適用于基于患者臨床特征而定制的基因Panel（例如，外顯子組或基因組測序數(shù)據(jù)的有限分析）和基于Sanger測序的小Panel。隨著基因Panel越來越多地成為許多遺傳病的一線檢測，這些標準對于協(xié)調(diào)不同診斷實驗室之間的檢測、保持高質(zhì)量的標準及縮短患者的診斷時間至關重要。 定義 基因診斷：一種獨立的臨床實驗，用于特定的臨床適應癥（即遺傳性疾病的特征或家族史），但不包括攜帶者篩查或預測性實驗（即無臨床適應癥或家族史的實驗），每種實驗都有其特定的考慮因素。 GAD：與孟德爾遺傳病相關的基因，包括符合ClinGen描述的與疾病有明確、有力或中等相關性證據(jù)支持的基因。 GUS：意義未明的基因，包括滿足ClinGen分類為有限或有爭議證據(jù)的基因。 臨床實驗：用于醫(yī)療管理的診斷、預測、攜帶者或產(chǎn)前檢測，至少在持有美國CLIA許可證或其他司法管轄區(qū)的同等認證的實驗室進行。 診斷類基因Panel需仔細考慮其預期用途、設計和實現(xiàn)。本文件提供了一個可通過系統(tǒng)回顧疾病的遺傳病因和基因-疾病相關性證據(jù)的強度，來確保臨床敏感性、特異性和有效性的工作流程（表1和圖1）。其中的一些具體考量和建議可詳見表2。 而對于一個診斷類基因Pannel,應納入具有檢測臨床適應癥證據(jù)的GADs,這與外顯子組/基因組檢測的基因納入標準存在差異（表3）。 表1 圖1:診斷類基因Panel的設計、評估和實現(xiàn)的工作流程 CNV，拷貝數(shù)變異，GAD，與孟德爾遺傳病相關的基因，GUS，意義未明的基因，SNV，單核苷酸變異。 表2診斷類基因測序Panel的考量和建議示例 表3 比較診斷類基因Panel與外顯子組/基因組檢測的 不同基因-疾病相關性證據(jù)水平的納入標準 注：a:報告證據(jù)相互矛盾的基因(有爭議的，駁回的)不適用于診斷類基因panel。 b:報告中指出，疾病關聯(lián)性證據(jù)仍在積累中，其變異不太可能被歸類為可能致病以上。 c:雖然不鼓勵在診斷類基因Panel中廣泛納入意義未明的基因(GUSs)，但在某些情況下，納入可能有意義（詳見討論部分的“臨床敏感性”）。 d:報告應特別說明尚未建立其疾病關聯(lián)性和遺傳性。這些基因的結果應在報告系統(tǒng)中盡可能地從臨床結果中分離出來。 e: 外顯子組/基因組檢測需要特定的知情同意流程。 實驗室最終負責基因Panel的設計、驗證、數(shù)據(jù)生成、解讀和作為臨床檢測的基因panel報告。實驗室必須考慮NGS檢測的有效性，或者通過使用輔助檢測來增強NGS檢測，或者說明基于基因Pane設計的方法學局限性。實驗室可通過大量的NGS數(shù)據(jù)積累，在確保基于基因-疾病證據(jù)強度的檢測完整性的條件下獲得更高的臨床敏感性，設計并實現(xiàn)一個完整的高質(zhì)量的診斷類基因Panel檢測。 參考文獻： BEAN, Lora JH, et al. Diagnostic gene sequencing panels: from design to report—a technical standard of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genetics in Medicine, 2020, 22.3: 453-461.PMID: 31732716
